「青雲殿」位於基隆山西側的山腰上，從瑞濱漁港沿著基隆山山腳通往九份的濱二路就從廟前經過。從瑞芳走汽車路進入九份之前，看到基隆山麓一片青綠之間露出的金黃色樓宇和鏤花檐角，便是青雲殿。
青雲殿主祀「神農大帝」即「五穀仙帝」，最初設壇在濱二路25號，台陽公司九號坑（九番坑）坑口附近的一戶信士王清泉家宅中。
當時是為九份礦山的淘金盛期，很多採礦人會前來祈求神明指點出金，然而令人稱奇的是幾乎多得靈驗，一時轟動礦區，信徒日漸增多，但因為神壇狹小無法容納眾多信徒，於是便發起建廟計劃。
有關青雲殿建廟，廟誌上有一段傳奇的記載。民國49年（1960年）4月11日，神明指示要蓋廟，當時已身懷六甲的主鸞－游賴女士，忽然間受神明指點，一路往雜草叢生的基隆山上走，走到名為「鷹仔石」的峭壁上，往下縱身一跳，跳到堐下30公尺深的一處平地，高呼：「此地是我駐駕聖址，座東朝西要建三殿，中線左右各伸36尺，深39尺6寸」，言畢而醒。不僅人平安，胎兒也順利生產，當天尚有數十位信眾親眼見證。
之後就依照游賴女士在夢中跳下去的位置，開始動工，直到民國53年（1964年）農曆8月8日晉殿。
當年交通尚未開通，青雲殿建廟所需建材，一磚一瓦，一石一木，皆由善男信女經庚子寮保甲路以人力搬運而上，歷經三年有餘，青雲殿正殿及左、右廂房始竣工。
民國75年，青雲殿向台陽公司購土地10公頃，增建後殿玉皇大殿及神農大殿，樓高六層，新殿空間寬闊，極盡莊嚴，設有兩座電梯可供行動不便的信眾上樓參拜，是全省廟宇非常少見的設計。
青雲殿前殿主祀神農大帝，後殿六樓主祀玉皇大帝，五樓主祀神農大帝。配祀伏羲、黃帝，觀音大士、天上聖母、關聖帝君、司命真君、孚佑帝君、太陰星君、文昌帝君、三官大帝、三清道祖、五聖恩主、玄天上帝、九天玄女、清水祖師、靈寶天尊、太陽星君、五穀仙童、製藥仙童等。
神農大帝，就是上古時候的「炎帝」神農氏，根據傳說，盤古開天闢地之後，有天、地、人三皇，也就是燧人、伏羲、神農三皇；神農氏發明耒耜，教民種植五榖，又親嘗百草，治民苦疾，並且立市廛，通貨財。人們感激神農大帝造福百姓的恩澤，歷千世萬年而不衰。因此，尊之為「先農」、「田祖」、「先嗇」。
清代雍正年間，詔命各省府州縣設立先農壇，壇後並立廟，年年由地方官率老農致祭。而且每年皇帝第一個祭典，便是「祈農」之祭。
對「神農大帝」的尊號，或稱先帝爺，或五榖先生，或稱五穀先帝，或稱藥王大帝，或稱開天炎帝，或稱炎帝神農氏以及五榖王、栗母王等。
關於神農大帝的神像，無論是在台灣或大陸各地，都是頭角崢嶸，袒胸露臂，腰圍樹葉，赤手跣足，有的則手執稻（麥）穗，以上古時候原始的裝束造像。
每年農曆四月二十六日，是神農大帝誕辰，奉祀神農大帝的廟宇，都有隆重的祭禮。

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